南京农业大学王牌专业有作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学、食品科学、科学技术史、畜牧学、公共管理等。

一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学。

二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理。

国家重点（培育）学科：食品科学。

十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学。

二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。

江苏高校优势学科建设工程：作物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学。

南京农业大学坐落于虎踞龙蟠的古都南京，是一所以农业科学与生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法学多学科协调发展的教育部直属全国重点大学，是国家“双一流”、“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校。

作物科学是农业科学的核心学科之一，本科学的两个主要二级学科分别为作物育种学和作物栽培学。

作物科学的根本任务是研究作物重要性状的遗传规律和育种技术，培育优良品种，实现良种化、种子标准化；同时揭示作物生长发育和产量、品质形成规律及其与环境关系，采取农艺措施将良种的遗传功能转化为现实生产力，实现高产、优质、高效、生态、安全的生产目标，为保障我国粮食安全和农产品有效供给、生态安全、现代农业可持续发展提供可靠的技术支撑。

植物保护主要研究农业生物、农业生态、农业有害生物的发生发展规律及其综合治理技术等方面的基本知识和技能，进行植物有害生物的鉴定、监测、控制、治理等。例如：植物杂草的铲除，蝗虫、疫病等农业灾害的预防与治理，农产品农药残留的检测分析等。