生源不同：二本的生源全部是高中生，即高中生通过高考考进二本学校，生源单一。自考生源广泛。凡是有开设自考本科层次教育的学校其生源从理论上来说是我国公民，而不仅仅是高中生，还可以是在职员工等。

录取批次不同：由于在每个省份录取考生的高校数量较多，所有高校不可能同时录取，所以将不同类型高校分批分期录取，由此形成录取批次，有了‘二本’的说法。但自学考试的主考学校并不设置录取批次，广大考生均可凭个人意愿报考学校。

毕业条件不同：二本统招本科只要修完所有课程并考试合格就可以毕业取得毕业证书和学位证书，自考本科则需要有国家承认的大专学历才可以申请毕业。

文凭不同：自考毕业生的文凭上是需要盖两个公章的，一个是主考院校的，一个是当地自考教育局的章，属于第二学历。二本统招本科考生毕业后拿到的文凭上会显示全日制普通高等教育，属于第一学历。