牡丹幼苗期容易受到地下害虫的危害，可用甲基异柳磷、呋喃丹、1605、辛硫磷等喷施或拌毒饵诱杀。喷施时，可与甲基立枯磷混合喷，可同时防治幼苗猝倒病。
5月底6月初如连续干旱，可再浇水一二次。每次浇水或降雨之后，应及时进行松土、除草、保墒。
5月中旬以后幼苗叶片容易出现叶斑病，此时可用绿亨一号、多福、 多菌灵等喷施防治，同时可与叶面肥混合喷施，以达到防病壮株的目的。每隔15－20天喷施一次，连续喷至9月。
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如果是为了生产药用牡丹，幼苗生长1－2年即可移栽，株行距为40×60cm，每穴定植1－2株，每666.7m2定植2500株。
如果是为了培养嫁接用的砧木，幼苗可在原地连续培养2－3年，最好是3 年，85%以上的幼苗都可用作砧木；也可以将1年生幼苗起出后按株行距20×50cm 重新定植，再培养2-3年后用于嫁接，这样比在原地连续生长2-3年的苗木的根系庞大，贮存的营养物质丰富，能显著提高嫁接成活率及增强嫁接苗的生长势。
幼苗移栽时间，以9月上旬(白露)至9月下旬(秋分)为宜。起苗时，从畦一头挖40－60cm深的沟，用铁锨或钗垂直入土，用力将土和苗一起翻入沟中，将苗拣出。
根据株行距及牡丹苗的大小挖穴，栽植时将苗垂直放入穴内，一手拿苗，一手向穴内填土，当土填到2/3穴时，用手将苗轻轻往上提一提，使根顺直，并使顶芽高出地面1-2cm，然后用木棒或手将苗周围的土捣实，边捣边填土，直至穴满。为防旱保温越冬，芽子四周用细土封成小土堆状，一般高于芽5cm左右，翌年 3月上旬(惊蛰)前后，待土地解冻时，应将牡丹之上的土逐渐去除，以利幼芽生长出土。
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