外观不同，圣女果果实比较长，市场上有两种品种，一种是红色的，一种是黄色的。千禧果果实比较短，圆圆的长得比较娇小，比圣女果要小一倍，果色是深红色。

口味不同，圣女果有点酸酸的。千禧果很甜，水分很足，更像是水果，口感比圣女果要好很多。

价格差异，一般千禧果价格要比圣女果价格略贵。

产地不同，圣女果是从台湾引进中国的品种，在我国大部分地区都可以种植。千禧果是从圣女果里面培育出来的新品种，产地主要分布在海南省，但广西省和广东省也有少量的种植。

名称不同，圣女果常被称为小西红、樱桃西红柿、樱桃番茄，不是转基因品种。千禧果学名叫“千禧樱桃小番茄”，维生素PP的含量居果蔬之首。