南京长途汽车站隶属于江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司，是1968年伴随着南京长江大桥的建成开通而投入运营的企业型客运站。
中央门长途汽车站1967年正式开建，于1969年10月1日建成。
1970年正式交付营运。

1969年8月，南京中央门长途汽车站主体工程基本完工，总占地面积44582平米，站房3768平米，候车室2080平米，停车场12530平米，保修车间2324平米，行管用房2516平米。
1984年，南京中央门长途汽车站成为中国业务范围最大的车站。
1986年，成为中国第一个拥有电脑售票系统的汽车站。
1990年代，获得中国第一个“全国文明汽车站”荣誉称号，并成为中国第一家中外合资办交通的单位。

2014年8月7日晚，服役46年的南京长途汽车总站正式关闭。
2014年8月8日早上6点，新建的南京汽车客运站正式启用，进入多种交通方式便捷换乘时代，铁路、地铁、长途汽车、出租车、公交在200米内可全部实现换乘（图片摄于2014年）。