1、马克笔能叠色，而水彩笔不能叠色，马克笔比水彩笔更容易上色；2、马克笔分水性和油性2种，而水彩笔只有1种水性；3、笔头方面水彩笔笔头一般是圆的，而马克笔头是扁的；4、马克笔大部分可以散卖，水彩笔则一般是12色、24色、36色的盒装卖。

马克笔分为油性马克笔和水性马克笔两种，油性马克笔多用于一次性的快速绘图，干的很快，耐水、耐干。虽然不能溶于水，但是能溶于酒精，如果笔干掉了，在笔芯里加入点酒精又可以接着用一段时间。

水性马克笔色彩明亮，能够溶于水，干了往笔芯内加点水也还能接着用一段时间。

水彩笔有单色水彩笔、双色水彩笔和多色水彩笔，单色水彩笔只有颜色的区别，有12色、24色、36色等色号。双色水彩笔书写起来有2种颜色。多色水彩笔是由多种颜色的笔芯合在一起做成一个笔头，常用于美工作画。